【Nat Methods 新工具| 杨辉团队发现和应用新Cas13X/Y系统进行高效的RNA编辑】
#bioart日历# Crisper来啦
2021年 5 月2日，中科院脑智中心（中科院神经所）杨辉团队在#Nature Methods#上在线发表了题为Programmable RNA editing with compact CRISPR–Cas13 systems from uncultivated microbes的研究论文。该研究通过对微生物大规模宏基因组数据进行计算分析发现两类新的CRISPR/Cas13系统，通过功能实验和工程化改造开发了一套高效率和高特异性的RNA编辑工具，该工具对开发基于RNA编辑的基因治疗手段具有重要的促进作用。
https://t.cn/A6aJC537
#bioart日历# Crisper来啦
2021年 5 月2日，中科院脑智中心（中科院神经所）杨辉团队在#Nature Methods#上在线发表了题为Programmable RNA editing with compact CRISPR–Cas13 systems from uncultivated microbes的研究论文。该研究通过对微生物大规模宏基因组数据进行计算分析发现两类新的CRISPR/Cas13系统，通过功能实验和工程化改造开发了一套高效率和高特异性的RNA编辑工具，该工具对开发基于RNA编辑的基因治疗手段具有重要的促进作用。
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【土壤理化性质、种植模式和地理位置对中国4个#玉米主产区##土壤原核生物群落#的影响】土壤原核生物群落由生物因素和非生物因素共同决定。然而，#农业生态系统#中影响土壤原核生物群落的主要因素目前并未明确。
为此，本研究利用 #宏基因组技术# 研究了玉米种植模式、土壤性质和地理位置对中国4个玉米主产区土壤原核生物群落的影响。
在本研究所有土壤样品中，α-变形菌纲、γ-变形菌纲、β-变形菌纲、芽单胞菌纲、酸杆菌纲和放线菌纲是共同优势原核生物类群。非度量多维尺度法分析发现，原核生物群落划分4个组，且与4个玉米种植区相吻合。冗余分析表明，土壤性质(尤其是pH)、地理位置和种植模式共同影响土壤原核生物群落多样性，而地理位置（纬度）、pH和种植模式影响土壤原核生物功能基因。4个玉米生产区土壤原核生物某些代谢途径中的功能基因丰度差异显著，如微生物-微生物相互作用、芳香化合物降解、原核生物固碳途径和微生物在不同环境中代谢等。
总之，土壤pH、种植制度和地理位置三者共同影响了我国4个玉米主产区土壤原核生物群落和功能基因。研究结果有助于深入了解大尺度农业生态系统中土壤原核生物群落的组成和基因功能。
论文链接：https://t.cn/A6ax1lD4
Cite this article:TIAN Xue-liang, LIU Jia-jia, LIU Quan-cheng, XIA Xin-yao, PENG Yong, Alejandra I. HUERTA, YAN Jian-bing, LI Hui, LIU Wen-de. 2022. The effects of soil properties, cropping systems and geographic location on soil prokaryotic communities in four maize production regions across China. Journal of Integrative Agriculture, 21(7): 2145–2157.
#农业生态环境#
为此，本研究利用 #宏基因组技术# 研究了玉米种植模式、土壤性质和地理位置对中国4个玉米主产区土壤原核生物群落的影响。
在本研究所有土壤样品中，α-变形菌纲、γ-变形菌纲、β-变形菌纲、芽单胞菌纲、酸杆菌纲和放线菌纲是共同优势原核生物类群。非度量多维尺度法分析发现，原核生物群落划分4个组，且与4个玉米种植区相吻合。冗余分析表明，土壤性质(尤其是pH)、地理位置和种植模式共同影响土壤原核生物群落多样性，而地理位置（纬度）、pH和种植模式影响土壤原核生物功能基因。4个玉米生产区土壤原核生物某些代谢途径中的功能基因丰度差异显著，如微生物-微生物相互作用、芳香化合物降解、原核生物固碳途径和微生物在不同环境中代谢等。
总之，土壤pH、种植制度和地理位置三者共同影响了我国4个玉米主产区土壤原核生物群落和功能基因。研究结果有助于深入了解大尺度农业生态系统中土壤原核生物群落的组成和基因功能。
论文链接：https://t.cn/A6ax1lD4
Cite this article:TIAN Xue-liang, LIU Jia-jia, LIU Quan-cheng, XIA Xin-yao, PENG Yong, Alejandra I. HUERTA, YAN Jian-bing, LI Hui, LIU Wen-de. 2022. The effects of soil properties, cropping systems and geographic location on soil prokaryotic communities in four maize production regions across China. Journal of Integrative Agriculture, 21(7): 2145–2157.
#农业生态环境#
【《自然—生物技术》：中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库】青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。
现在，中国科学家构建的全球首个青藏高原冰川微生物基因组及基因数据集（TG2G）正式出炉。这项被多位审稿人评价为“高度创新”的研究，北京时间6月27日晚发表于《自然—生物技术》。
这是兰州大学泛第三极环境中心、中国科学院青藏高原研究所及中国科学院微生物所、澳大利亚和丹麦合作团队的成果，其中汇聚了青藏高原21条冰川30个门类物种的2500余万条基因信息，并系统论述了青藏高原冰川微生物多样性和功能。
“这是一项非常有意义的工作，填补了对冰川栖息地微生物群落测序知识的重大空白。”地球微生物组计划负责人之一、美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides作为该刊特邀评论员评价说。
首个冰川微生物数据“银行”
研究团队对青藏高原21条冰川85个宏基因组进行了测序和组装，获得了2358个宏基因组装基因组，并将其与分离自青藏高原冰川的883株细菌培养株的基因组相结合，构建了青藏高原冰川微生物基因组和基因数据集TG2G。
TG2G含有3241个冰川细菌和古菌的基因组，这些微生物物种可划分为30个门、69个纲、12个目、22科、475属和968种。与极地海洋、地球微生物数据库和物种分类数据库中的基因组数据相比，其中88.3%~100%的青藏高原冰川微生物为潜在新种，它们以主要分布在单一冰川的特有种为主，具有较强的空间和生境特异性。
同时，TG2G数据集的基因数据包括冰川环境的25,320,330个不同基因，其中15,954个基因可能与次级代谢产物合成相关，只有8.4%存在于现有数据库中。这一发现证实了TG2G数据库包含了大量功能新颖的次级代谢产物。次级代谢产物，即不直接涉及到生命生长、发育或繁殖，但对生物之间的相互作用和环境适应性具有重要作用的有机化合物。
“这是第一个详细的冰川生态系统基因组和基因目录。”《自然—生物技术》编辑团队如是评价。该刊一位同行评议专家也指出，这项工作具有“高度创新性，因为与冰川环境相关的微生物基因组信息一直所知甚少”。
现在，中国科学家构建的全球首个青藏高原冰川微生物基因组及基因数据集（TG2G）正式出炉。这项被多位审稿人评价为“高度创新”的研究，北京时间6月27日晚发表于《自然—生物技术》。
这是兰州大学泛第三极环境中心、中国科学院青藏高原研究所及中国科学院微生物所、澳大利亚和丹麦合作团队的成果，其中汇聚了青藏高原21条冰川30个门类物种的2500余万条基因信息，并系统论述了青藏高原冰川微生物多样性和功能。
“这是一项非常有意义的工作，填补了对冰川栖息地微生物群落测序知识的重大空白。”地球微生物组计划负责人之一、美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides作为该刊特邀评论员评价说。
首个冰川微生物数据“银行”
研究团队对青藏高原21条冰川85个宏基因组进行了测序和组装，获得了2358个宏基因组装基因组，并将其与分离自青藏高原冰川的883株细菌培养株的基因组相结合，构建了青藏高原冰川微生物基因组和基因数据集TG2G。
TG2G含有3241个冰川细菌和古菌的基因组，这些微生物物种可划分为30个门、69个纲、12个目、22科、475属和968种。与极地海洋、地球微生物数据库和物种分类数据库中的基因组数据相比，其中88.3%~100%的青藏高原冰川微生物为潜在新种，它们以主要分布在单一冰川的特有种为主，具有较强的空间和生境特异性。
同时，TG2G数据集的基因数据包括冰川环境的25,320,330个不同基因，其中15,954个基因可能与次级代谢产物合成相关，只有8.4%存在于现有数据库中。这一发现证实了TG2G数据库包含了大量功能新颖的次级代谢产物。次级代谢产物，即不直接涉及到生命生长、发育或繁殖，但对生物之间的相互作用和环境适应性具有重要作用的有机化合物。
“这是第一个详细的冰川生态系统基因组和基因目录。”《自然—生物技术》编辑团队如是评价。该刊一位同行评议专家也指出，这项工作具有“高度创新性，因为与冰川环境相关的微生物基因组信息一直所知甚少”。
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