读了篇文献《Seven Key Themes in Physical Therapy Advice for Patients Living With Subacromial Shoulder Pain: A Scoping Review》 （肩峰下疼痛患者的物理治疗建议中的七个关键主题）
摘抄一下
先说总结：1.认知。患者对自身疾病的认知，自我在恢复过程角色作用，对医疗手段可产生的效果的正确理解对愈合及满意度影响很大。2.除了进行适度的解剖，力学，病理的讲解外，病患教育中要考虑”慢性痛” 神经心理学等因素
患者的健康素养，对治疗的期望以及个人属性（例如自我效能感）可能会产生重要影响治疗结果。 了解健康状况的患者有权参与决策过程，并对其状况的自我管理承担更大的责任，并表现出健康状况，幸福感，生活质量和对医疗保健的满意程度的改善。
为了解决可能与持续性肩痛有关的中心机制和社会心理影响........更广泛的方法可能包括增强患者对持续性肩痛或“认知训练”的理解和信念的技术
.........尚不清楚解剖学病变或病理学与肩部相关症状的存在之间的关系，特别是在慢性疼痛状态中..........例如中枢敏化或 中枢运动的重组也可能导致肩部疼痛..........旨在增强患者对可能影响其疼痛的多种因素的理解。
摘抄一下
先说总结：1.认知。患者对自身疾病的认知，自我在恢复过程角色作用，对医疗手段可产生的效果的正确理解对愈合及满意度影响很大。2.除了进行适度的解剖，力学，病理的讲解外，病患教育中要考虑”慢性痛” 神经心理学等因素
患者的健康素养，对治疗的期望以及个人属性（例如自我效能感）可能会产生重要影响治疗结果。 了解健康状况的患者有权参与决策过程，并对其状况的自我管理承担更大的责任，并表现出健康状况，幸福感，生活质量和对医疗保健的满意程度的改善。
为了解决可能与持续性肩痛有关的中心机制和社会心理影响........更广泛的方法可能包括增强患者对持续性肩痛或“认知训练”的理解和信念的技术
.........尚不清楚解剖学病变或病理学与肩部相关症状的存在之间的关系，特别是在慢性疼痛状态中..........例如中枢敏化或 中枢运动的重组也可能导致肩部疼痛..........旨在增强患者对可能影响其疼痛的多种因素的理解。
#论文发表指南# 第三篇：钩住读者
引言有多难写？AMJ的获奖论文作者们平均重写引言10次，平均写引言的时间大约是整个写作时间的24%……
引言要回答哪三个问题？杰出学者怎么写引言？有什么好的引言例子？常见的错误有哪些？二位编辑给出撰写引言部分的建议，正如标题描述的那样，引言的核心在于“钩住读者”，让读者有继续阅读的兴趣。文章由唧唧堂和MOR联合推出，收藏于此，便于查阅。
本文是针对论文《在AMJ上发表——第三部分：钩住读者Publishing in AMJ--Part3: Setting the hook》的一篇论文解析，该论文于2011年发表在美国管理学学报AMJ第5期上，属于“AMJ编辑对如何写作的建议”系列论文第三部分。该文的作者都是曾经的AMJ副主编：Adam M. Grant和Timothy G. Pollock。该文主要是给出写引言的建议，正如标题形象地描述，引言的核心在于钩住读者，让读者有继续阅读的兴趣。
作者一上来先给了我们一个直观的印象：AMJ最佳论文奖获得者平均重写引言10次，两位作者在写这篇文章时，也重写了引言10次（且仍然不够满意）。紧接着，作者以“约会”做了个类比，告诉我们“第一印象很重要”。尽管引言是整篇文章中最短的部分，但它的好坏却决定了读者是否愿意继续读下去。在审稿的过程中，如果审稿人在阅读引言时，被论文的研究问题所吸引，欣赏其重要性，并了解这个研究是如何推进该领域的，那么他们就会更愿意找理由推荐这篇文章修改后进入下一轮审稿。而如果审稿人在读完引言部分后，一点都不兴奋，那么他们就更可能找理由拒掉这篇文章。
为了找到“好引言”的特征，作者调查了22位AMJ最佳论文奖的获得者，以及20位AMJ杰出审稿人获得者。作者分三个部分展开，分别回答了三个问题：好的引言是怎么样的？杰出的学者是如何写引言的？以及有什么好的例子和常见的陷阱？
一、好的引言是怎么样的？
好的引言里应该回答以下三个问题：
1. 谁关心这个研究问题？
引言最核心的目的是强调自己研究的主题对理论和实践都有裨益。通过分析25篇AMJ最佳论文，作者发现文章开篇有两种“设置钩子”的方式：引用和描述趋势。
引用是指使用一些具有“煽动性”的语录或小情景，让读者沉浸其中，感受到该主题的有趣和实用。
描述趋势是指强调该主题在业界或学界的发展趋势。
2. 我们对这个领域已经知道了什么，还有什么不知道的，以及那又怎样？
设置好钩子后，一个好的引言应该说明自己加入的是哪一场对话（即哪一个领域），该领域还有哪些问题是没有讨论的，为什么这些问题应该被讨论（Huff, 1999）。Locke和Golden-Biddle在1997年提出“建立你的研究领域——找出该领域存在的问题”的方法。建立研究领域包括加入两场对话并将二者联系起来；或分析现有的对话并描述为什么这场对话需要往前迈进；或展示两个对立的视角并解释你如何解决这种对立关系。找出该领域存在的 问题包括说服读者这个领域的知识需要进一步的发展；或说服读者这个领域的知识还不够完善；或说服读者这个领域的知识存在错误。
作者发现，很多文章都不能很好地找出该领域的问题。一些文章过于温和，小心翼翼地说以往的研究不够完善，不敢“树敌”，却又说自己的研究有很大的贡献。另一些文章则过于具有侵犯性，指出该领域存在错误，虽然能够激起读者的兴趣，但是这样对以往研究严厉的批评会引发读者的反感。最为适合的方式是指出该领域的知识需要进一步地发展，并且不否认以往的研究也是有价值的。
3. 从这篇论文中，能收获什么？
引言的第三个组成部分是对你的研究的理论贡献做一个“预告”，核心在于告诉读者你会如何兑现“改变，挑战或推进你加入的对话（或研究领域）”的承诺。作者提到，很多没有受过组织管理研究训练的学者常常会忽视这一点，但是这一点非常重要，因为有研究空白并不代表这个研究就是有趣和有价值的，学者必须要解释为什么这个贡献能够帮助我们更好的理解某个现象。
Hollenbeck(2008)提出两个阐述研究贡献的方法：改变现有的共识 和 创建新的共识。当作者找到了过去人们普遍持有的假定，挑战这些假定，并说出对现有的研究有什么启示时，即是在“改变现有的共识”。当作者展现出目前该领域缺乏共识，并阐明争论的线索或解决冲突时，即是在“创建新的共识”。
二、杰出的学者是如何写引言的？
作者调查了22位AMJ最佳论文获得者，发现获奖论文都具有的一个明显特征是：这些论文都在引言部分“钩住”读者。同时，作者也向这些获奖者们询问了撰写引言的时间安排和重写引言的相关建议。
关于时间安排：22位AMJ最佳论文获得者中，9%的学者在一开始有了想法的时候就写引言，23%在初稿最开始的阶段就写，9%在初稿的最后阶段写；59%在初稿的中期写，并且在有想法时和/或在数据收集和分析结束前记录一些简短的笔记。此外，尽管引言的长度只占整篇论文的10%，这些获奖者们平均写引言的时间大约是整个写作时间的24%，超过一半的获奖者表示他们用了30%或以上的时间去写引言，只有两位表示他们花不到15%的时间写引言。
关于重写引言：为什么引言这么短的一个部分需要花这么多的时间？正如最开始提到的，获奖者们平均重写引言10次，最少也是3次。45%的学者表示他们重写10次或以上，86%表示他们重写引言的次数超过其他部分重写的次数。作者发现了三种重写引言的方式：
1.无情地重建
一篇文章有多个作者，每个作者都“无情地”重写别人的引言，直到他们达成一致。
2.不停地迭代
不断地重写直到研究问题，研究空白，争论和贡献彻底成型。这种方法常用在定性研究中。
3.清晰的计划
以前文所述的“好的引言需要回答的三个问题”作为指引，撰写引言。
三、好的例子
作者调查了20位在2008-2010期间获得了杰出审稿人奖的学者，让他们提名写得好的引言，包括Latham, Erez & Locke (1988); Schmidt, Hunter, & Pearlman (1981); Staw, Bell, & Clausen (1986); Barker (1993); Chatterjee & Hambrick (2007); Elsbach & Kramer (2003); Gersick (1989); Huselid (1995); Tsui et al. (1997); Greenwood & Suddaby (2006); Madsen & Desai (2010); Sanders & Hambrick (2007); Gulati & Westphal (1999); Hitt, Hoskisson, & Kim (1997); Khanna & Palepu (2000); Sanders & Tuschke (2007); Lounsbury & Glynn (2001); Rao, Monin, & Durand (2003); Poppo & Zenger (2002); Seibert, Kraimer, & Liden (2001); van der Vegt & Bunderson (2005); Whiteman & Cooper (2011)。(编者注：限于篇幅，读者们可以打开原文查看表格，审稿人对这些优秀的引言“为何优秀”有详细评语）。
此外，通过对最佳论文获得者的建议进行文本分析，作者发现最主要的三个关键词是：聚焦，吸引读者，找出以往文献的问题。
四、常见的陷阱
没有展示该论文的动机和找出问题
这是最常见的错误（60%），即没有充分地说明这个主题和研究问题的重要性，以及这篇论文会对现有的知识有什么贡献。审稿人提到：犯这个错误是因为作者假定自己写这篇论文的动机是很明显的，于是没有很好地展示出已有研究的缺陷。还有审稿人提到，作者常常说自己弥补了研究缺陷，但却没有告诉读者弥补了这个缺陷又怎样(so what)。然而，并不是所有的研究空白都需要被弥补的。
没有重点
这个错误（45%)通常有几个特点：
其一，引言部分过长，涵盖了太多细节，却没有关于该文贡献本质的，有趣的信息。审稿人提到：作者在引言部分塞了太多东西，导致引言没办法令人信服和吸引别人的兴趣。
其二，用了太多的理论框架去定位文章。
其三，在引言部分展示该篇论文的结构，但却没有明确研究问题并指出自己的贡献。
过度承诺
一些审稿人提到：有些作者的引言和后面的文章不匹配，也就是在引言部分给读者过高的期待，但后面的内容却没办法达到读者的期待。有14%的投稿有这类问题。
总而言之，一个好的引言能够通过阐明：
1.该主题的影响
2.目前学者们对该主题认识什么程度
3.我们还有什么不知道的，以及
4.不知道的那些问题为什么重要
以钩住读者，并且告诉读者自己的研究“如何对已有的研究有贡献或怎样开启了一场新的对话”。一个好的引言能够增加继续阅读的可能性以及让读者充分地欣赏你的研究。
当然，好的引言也需要花大量的时间去打磨，这些用于写引言的时间是非常有价值的，这些努力会得到回报。
原文刊载于：https://t.cn/A6zWBlSI
原作者: Adam M. Grant & Timothy G. Pollock。
引言有多难写？AMJ的获奖论文作者们平均重写引言10次，平均写引言的时间大约是整个写作时间的24%……
引言要回答哪三个问题？杰出学者怎么写引言？有什么好的引言例子？常见的错误有哪些？二位编辑给出撰写引言部分的建议，正如标题描述的那样，引言的核心在于“钩住读者”，让读者有继续阅读的兴趣。文章由唧唧堂和MOR联合推出，收藏于此，便于查阅。
本文是针对论文《在AMJ上发表——第三部分：钩住读者Publishing in AMJ--Part3: Setting the hook》的一篇论文解析，该论文于2011年发表在美国管理学学报AMJ第5期上，属于“AMJ编辑对如何写作的建议”系列论文第三部分。该文的作者都是曾经的AMJ副主编：Adam M. Grant和Timothy G. Pollock。该文主要是给出写引言的建议，正如标题形象地描述，引言的核心在于钩住读者，让读者有继续阅读的兴趣。
作者一上来先给了我们一个直观的印象：AMJ最佳论文奖获得者平均重写引言10次，两位作者在写这篇文章时，也重写了引言10次（且仍然不够满意）。紧接着，作者以“约会”做了个类比，告诉我们“第一印象很重要”。尽管引言是整篇文章中最短的部分，但它的好坏却决定了读者是否愿意继续读下去。在审稿的过程中，如果审稿人在阅读引言时，被论文的研究问题所吸引，欣赏其重要性，并了解这个研究是如何推进该领域的，那么他们就会更愿意找理由推荐这篇文章修改后进入下一轮审稿。而如果审稿人在读完引言部分后，一点都不兴奋，那么他们就更可能找理由拒掉这篇文章。
为了找到“好引言”的特征，作者调查了22位AMJ最佳论文奖的获得者，以及20位AMJ杰出审稿人获得者。作者分三个部分展开，分别回答了三个问题：好的引言是怎么样的？杰出的学者是如何写引言的？以及有什么好的例子和常见的陷阱？
一、好的引言是怎么样的？
好的引言里应该回答以下三个问题：
1. 谁关心这个研究问题？
引言最核心的目的是强调自己研究的主题对理论和实践都有裨益。通过分析25篇AMJ最佳论文，作者发现文章开篇有两种“设置钩子”的方式：引用和描述趋势。
引用是指使用一些具有“煽动性”的语录或小情景，让读者沉浸其中，感受到该主题的有趣和实用。
描述趋势是指强调该主题在业界或学界的发展趋势。
2. 我们对这个领域已经知道了什么，还有什么不知道的，以及那又怎样？
设置好钩子后，一个好的引言应该说明自己加入的是哪一场对话（即哪一个领域），该领域还有哪些问题是没有讨论的，为什么这些问题应该被讨论（Huff, 1999）。Locke和Golden-Biddle在1997年提出“建立你的研究领域——找出该领域存在的问题”的方法。建立研究领域包括加入两场对话并将二者联系起来；或分析现有的对话并描述为什么这场对话需要往前迈进；或展示两个对立的视角并解释你如何解决这种对立关系。找出该领域存在的 问题包括说服读者这个领域的知识需要进一步的发展；或说服读者这个领域的知识还不够完善；或说服读者这个领域的知识存在错误。
作者发现，很多文章都不能很好地找出该领域的问题。一些文章过于温和，小心翼翼地说以往的研究不够完善，不敢“树敌”，却又说自己的研究有很大的贡献。另一些文章则过于具有侵犯性，指出该领域存在错误，虽然能够激起读者的兴趣，但是这样对以往研究严厉的批评会引发读者的反感。最为适合的方式是指出该领域的知识需要进一步地发展，并且不否认以往的研究也是有价值的。
3. 从这篇论文中，能收获什么？
引言的第三个组成部分是对你的研究的理论贡献做一个“预告”，核心在于告诉读者你会如何兑现“改变，挑战或推进你加入的对话（或研究领域）”的承诺。作者提到，很多没有受过组织管理研究训练的学者常常会忽视这一点，但是这一点非常重要，因为有研究空白并不代表这个研究就是有趣和有价值的，学者必须要解释为什么这个贡献能够帮助我们更好的理解某个现象。
Hollenbeck(2008)提出两个阐述研究贡献的方法：改变现有的共识 和 创建新的共识。当作者找到了过去人们普遍持有的假定，挑战这些假定，并说出对现有的研究有什么启示时，即是在“改变现有的共识”。当作者展现出目前该领域缺乏共识，并阐明争论的线索或解决冲突时，即是在“创建新的共识”。
二、杰出的学者是如何写引言的？
作者调查了22位AMJ最佳论文获得者，发现获奖论文都具有的一个明显特征是：这些论文都在引言部分“钩住”读者。同时，作者也向这些获奖者们询问了撰写引言的时间安排和重写引言的相关建议。
关于时间安排：22位AMJ最佳论文获得者中，9%的学者在一开始有了想法的时候就写引言，23%在初稿最开始的阶段就写，9%在初稿的最后阶段写；59%在初稿的中期写，并且在有想法时和/或在数据收集和分析结束前记录一些简短的笔记。此外，尽管引言的长度只占整篇论文的10%，这些获奖者们平均写引言的时间大约是整个写作时间的24%，超过一半的获奖者表示他们用了30%或以上的时间去写引言，只有两位表示他们花不到15%的时间写引言。
关于重写引言：为什么引言这么短的一个部分需要花这么多的时间？正如最开始提到的，获奖者们平均重写引言10次，最少也是3次。45%的学者表示他们重写10次或以上，86%表示他们重写引言的次数超过其他部分重写的次数。作者发现了三种重写引言的方式：
1.无情地重建
一篇文章有多个作者，每个作者都“无情地”重写别人的引言，直到他们达成一致。
2.不停地迭代
不断地重写直到研究问题，研究空白，争论和贡献彻底成型。这种方法常用在定性研究中。
3.清晰的计划
以前文所述的“好的引言需要回答的三个问题”作为指引，撰写引言。
三、好的例子
作者调查了20位在2008-2010期间获得了杰出审稿人奖的学者，让他们提名写得好的引言，包括Latham, Erez & Locke (1988); Schmidt, Hunter, & Pearlman (1981); Staw, Bell, & Clausen (1986); Barker (1993); Chatterjee & Hambrick (2007); Elsbach & Kramer (2003); Gersick (1989); Huselid (1995); Tsui et al. (1997); Greenwood & Suddaby (2006); Madsen & Desai (2010); Sanders & Hambrick (2007); Gulati & Westphal (1999); Hitt, Hoskisson, & Kim (1997); Khanna & Palepu (2000); Sanders & Tuschke (2007); Lounsbury & Glynn (2001); Rao, Monin, & Durand (2003); Poppo & Zenger (2002); Seibert, Kraimer, & Liden (2001); van der Vegt & Bunderson (2005); Whiteman & Cooper (2011)。(编者注：限于篇幅，读者们可以打开原文查看表格，审稿人对这些优秀的引言“为何优秀”有详细评语）。
此外，通过对最佳论文获得者的建议进行文本分析，作者发现最主要的三个关键词是：聚焦，吸引读者，找出以往文献的问题。
四、常见的陷阱
没有展示该论文的动机和找出问题
这是最常见的错误（60%），即没有充分地说明这个主题和研究问题的重要性，以及这篇论文会对现有的知识有什么贡献。审稿人提到：犯这个错误是因为作者假定自己写这篇论文的动机是很明显的，于是没有很好地展示出已有研究的缺陷。还有审稿人提到，作者常常说自己弥补了研究缺陷，但却没有告诉读者弥补了这个缺陷又怎样(so what)。然而，并不是所有的研究空白都需要被弥补的。
没有重点
这个错误（45%)通常有几个特点：
其一，引言部分过长，涵盖了太多细节，却没有关于该文贡献本质的，有趣的信息。审稿人提到：作者在引言部分塞了太多东西，导致引言没办法令人信服和吸引别人的兴趣。
其二，用了太多的理论框架去定位文章。
其三，在引言部分展示该篇论文的结构，但却没有明确研究问题并指出自己的贡献。
过度承诺
一些审稿人提到：有些作者的引言和后面的文章不匹配，也就是在引言部分给读者过高的期待，但后面的内容却没办法达到读者的期待。有14%的投稿有这类问题。
总而言之，一个好的引言能够通过阐明：
1.该主题的影响
2.目前学者们对该主题认识什么程度
3.我们还有什么不知道的，以及
4.不知道的那些问题为什么重要
以钩住读者，并且告诉读者自己的研究“如何对已有的研究有贡献或怎样开启了一场新的对话”。一个好的引言能够增加继续阅读的可能性以及让读者充分地欣赏你的研究。
当然，好的引言也需要花大量的时间去打磨，这些用于写引言的时间是非常有价值的，这些努力会得到回报。
原文刊载于：https://t.cn/A6zWBlSI
原作者: Adam M. Grant & Timothy G. Pollock。
2张图读懂BRCA基因检测流程 | 专家共识
医脉通肿瘤科
2018-06-19
乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene，BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是评估乳腺癌、卵巢癌和其他相关癌症发病风险的重要生物标志物，也是影响患者个体化治疗方案选择的生物标志物，所以BRCA检测具有重要的临床意义。

BRCA基因检测难度较大，没有热点变异，变异遍布于2个基因的全长。国内对于BRCA基因检测一般采用下一代测序(next generation sequencing, NGS)的方法，但目前尚无统一的检测流程与标准。为建立基于NGS技术的BRCA基因检测的方法学标准以及规范临床检测操作，中华医学会病理学分会特组织国内分子病理学领域的相关专家，对BRCA基因检测流程进行讨论并达成共识。
适用人群
HER2阴性晚期乳腺癌患者和所有新确诊以及复发的卵巢癌患者进行BRCA 基因检测;对于铂敏感复发的卵巢癌患者，无论是否携带BRCA 致病突变都可获益于PARP 抑制剂治疗 ，若需评估遗传风险，可行胚系BRCA 基因检测，但在检测前需要专业人士进行遗传咨询工作;肿瘤BRCA 基因检测无需遗传咨询。
基于NGS 检测BRCA 基因突变的流程

建议对于可获取肿瘤组织的癌症患者，可进行肿瘤组织样本检测；对于肿瘤组织不可获取的癌症患者和癌症高风险人群，可进行胚系BRCA 基因检测，一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本，目前以血液为主。
在进行浓度和纯度测定时，可采用Nanodrop 和Qubit 仪器。采用琼脂糖凝胶电泳等方法对片段化程度进行评估。剩余DNA 建议永久归档或至少保留至产生报告时。
可使用2 种方法对DNA 样本进行文库制备，即基于扩增子的方法和基于杂交捕获的方法。
胚系BRCA 基因检测只需检测杂合突变或纯合突变，理论突变频率分别为50%或100%，而肿瘤组织BRCA 突变频率可能很低。
变异解读
数据解读的标准和规范以及数据解读和注释流程中常用数据库可参考《ACMG 和美国分子病理学会(Association for Molecular Pathology，AMP)序列变异解读标准和指南(2015 版)》《美国分子病理学会(AMP) / 美国临床肿瘤学会(ASCO) / 美国病理学家协会(CAP) 癌症序列变异解读和报告的标准和指南(2017 版)》以及《BRCA 数据解读中国专家共识》 。BRCA 基因检测报告可参考《BRCA 数据解读中国专家共识》 。
1.致病性（pathogenic）-5类。包括以下几种情况：（1）编码提前终止密码子的序列变异，即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。（2）发生在剪切位点即外显子上下游第一或第二个碱基的变异，但是，需除外经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异。（3）拷贝数缺失变异，该变异导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变，或者该变异移除1个或多个外显子且不是经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自发框内RNA异构体的变异。（4）任意大小的拷贝数重复变异，该变异导致1个或多个外显子重复并已被证实会导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变。（5）体外或体内功能研究显示对基因或基因产物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。
2.可能致病性（likely pathogenic）-4类。包括以下几种情况：（1）该变异经mRNA水平的实验证实能够改变剪接，但是不会产生可能恢复基因功能的自然存在的框内RNA异构体。（2）该变异编码的氨基酸改变与之前定义的5类致病性错义突变相同，但发生改变的基础核苷酸不同，而且既往疾病关联并非由剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目（Exome Sequencing Project）、千人基因组计划（1000 Genomes Project）或外显子组整合数据库（Exome Aggregation Consortium），或变异位于已确认的功能区。（3）移除密码子的小片段框内缺失变异，该变异涉及的氨基酸位点已被证实可发生错义替换5类变异，且既往疾病关联并非由于剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库，或变异位于已确认的功能区。（4）体外或体内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作用的其他类型变异，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库，或者变异位于已确认的功能区。
3.意义未明（uncertain significance）-3类：证据不足以将其归类为1、2、4或5类的变异，或证据与良性和致病性分类相矛盾的变异。
4.可能良性（likely benign）-2类。包括以下几种情况：（1）该变异编码的氨基酸改变与已确认的1类良性变异相同，但发生改变的基础核苷酸不同，且无证据表明该变异会导致剪接事件。（2）个体发生的胚系变异与已知致病变异在同一基因上呈反式（in trans）排列，且该个体除了BRCA相关肿瘤外无明显其他临床表征。
5.良性（benign）-1类：（1）外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库中等位基因频率>5%的变异。（2）体外或体内功能研究显示对蛋白质功能或剪接无破坏作用的变异。
基于BRCA 基因检测流程

参考文献：
1.基于下一代测序技术的BRCA基因检测流程中国专家共识.中华病理学杂志,2018,47(6) :401-406.
2.BRCA数据解读中国专家共识[J]. 中华病理学杂志, 2017, 46(5).
医脉通肿瘤科
2018-06-19
乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene，BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是评估乳腺癌、卵巢癌和其他相关癌症发病风险的重要生物标志物，也是影响患者个体化治疗方案选择的生物标志物，所以BRCA检测具有重要的临床意义。

BRCA基因检测难度较大，没有热点变异，变异遍布于2个基因的全长。国内对于BRCA基因检测一般采用下一代测序(next generation sequencing, NGS)的方法，但目前尚无统一的检测流程与标准。为建立基于NGS技术的BRCA基因检测的方法学标准以及规范临床检测操作，中华医学会病理学分会特组织国内分子病理学领域的相关专家，对BRCA基因检测流程进行讨论并达成共识。
适用人群
HER2阴性晚期乳腺癌患者和所有新确诊以及复发的卵巢癌患者进行BRCA 基因检测;对于铂敏感复发的卵巢癌患者，无论是否携带BRCA 致病突变都可获益于PARP 抑制剂治疗 ，若需评估遗传风险，可行胚系BRCA 基因检测，但在检测前需要专业人士进行遗传咨询工作;肿瘤BRCA 基因检测无需遗传咨询。
基于NGS 检测BRCA 基因突变的流程

建议对于可获取肿瘤组织的癌症患者，可进行肿瘤组织样本检测；对于肿瘤组织不可获取的癌症患者和癌症高风险人群，可进行胚系BRCA 基因检测，一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本，目前以血液为主。
在进行浓度和纯度测定时，可采用Nanodrop 和Qubit 仪器。采用琼脂糖凝胶电泳等方法对片段化程度进行评估。剩余DNA 建议永久归档或至少保留至产生报告时。
可使用2 种方法对DNA 样本进行文库制备，即基于扩增子的方法和基于杂交捕获的方法。
胚系BRCA 基因检测只需检测杂合突变或纯合突变，理论突变频率分别为50%或100%，而肿瘤组织BRCA 突变频率可能很低。
变异解读
数据解读的标准和规范以及数据解读和注释流程中常用数据库可参考《ACMG 和美国分子病理学会(Association for Molecular Pathology，AMP)序列变异解读标准和指南(2015 版)》《美国分子病理学会(AMP) / 美国临床肿瘤学会(ASCO) / 美国病理学家协会(CAP) 癌症序列变异解读和报告的标准和指南(2017 版)》以及《BRCA 数据解读中国专家共识》 。BRCA 基因检测报告可参考《BRCA 数据解读中国专家共识》 。
1.致病性（pathogenic）-5类。包括以下几种情况：（1）编码提前终止密码子的序列变异，即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。（2）发生在剪切位点即外显子上下游第一或第二个碱基的变异，但是，需除外经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异。（3）拷贝数缺失变异，该变异导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变，或者该变异移除1个或多个外显子且不是经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自发框内RNA异构体的变异。（4）任意大小的拷贝数重复变异，该变异导致1个或多个外显子重复并已被证实会导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变。（5）体外或体内功能研究显示对基因或基因产物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。
2.可能致病性（likely pathogenic）-4类。包括以下几种情况：（1）该变异经mRNA水平的实验证实能够改变剪接，但是不会产生可能恢复基因功能的自然存在的框内RNA异构体。（2）该变异编码的氨基酸改变与之前定义的5类致病性错义突变相同，但发生改变的基础核苷酸不同，而且既往疾病关联并非由剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目（Exome Sequencing Project）、千人基因组计划（1000 Genomes Project）或外显子组整合数据库（Exome Aggregation Consortium），或变异位于已确认的功能区。（3）移除密码子的小片段框内缺失变异，该变异涉及的氨基酸位点已被证实可发生错义替换5类变异，且既往疾病关联并非由于剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库，或变异位于已确认的功能区。（4）体外或体内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作用的其他类型变异，并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库，或者变异位于已确认的功能区。
3.意义未明（uncertain significance）-3类：证据不足以将其归类为1、2、4或5类的变异，或证据与良性和致病性分类相矛盾的变异。
4.可能良性（likely benign）-2类。包括以下几种情况：（1）该变异编码的氨基酸改变与已确认的1类良性变异相同，但发生改变的基础核苷酸不同，且无证据表明该变异会导致剪接事件。（2）个体发生的胚系变异与已知致病变异在同一基因上呈反式（in trans）排列，且该个体除了BRCA相关肿瘤外无明显其他临床表征。
5.良性（benign）-1类：（1）外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库中等位基因频率>5%的变异。（2）体外或体内功能研究显示对蛋白质功能或剪接无破坏作用的变异。
基于BRCA 基因检测流程

参考文献：
1.基于下一代测序技术的BRCA基因检测流程中国专家共识.中华病理学杂志,2018,47(6) :401-406.
2.BRCA数据解读中国专家共识[J]. 中华病理学杂志, 2017, 46(5).
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