【PNAS | 李博生/邓兴旺合作团队首次构建植物愈伤组织芽再生的空间转录组图谱】
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近日，北京大学现代农业研究院的李博生研究员团队与邓兴旺院士团队在国际知名学术期刊PNAS上发表了题为“Spatial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoting shoot regeneration in tomato callus”的研究论文，建立了首个植物愈伤组织芽再生的空间转录组图谱。
该研究利用了深圳华大BGI Stereo-seq、青岛百迈客BMKMANU S1000以及美国10x Visium三种#空间转录组# 技术，以及10X Chromium单细胞核转录组技术，首次揭示了番茄愈伤组织内部细胞的异质性，并在单细胞水平上详细解析了激素信号和重要调控因子在各种组织和细胞中的表达情况。研究结果不仅发现了表皮和芽原基细胞的亚型和功能，还揭示了绿色组织（chlorenchyma）细胞在芽原基细胞位置决定和分化发展中的重要作用，以及光照如何通过促进绿色组织细胞的发育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR来推动芽再生过程。
#植物# 在遭受损伤后能够重新编程体细胞，实现新组织或器官的再生。愈伤组织是由植物体细胞诱导产生的一类拥有再生潜能的细胞，广泛应用于现代农业领域，包括植物营养繁殖和#基因编辑# 等分子育种技术。其中，愈伤组织细胞经过芽再生过程最终发育成可育芽，这一过程对于植物再生至关重要。
#番茄# 是一种全球重要的经济作物，但在其愈伤组织中芽再生的分子机制仍有很多未知。为了深入研究番茄愈伤组织中芽再生的细胞发育轨迹和分子机制，研究团队通过协作开发并掌握多种先进的空间转录组实验和分析技术，首次建立了番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱。研究结果揭示了愈伤组织中存在高度异质的细胞群，将番茄愈伤组织分为了表皮、维管组织、芽原基、成熟芽和内部愈伤组织五种细胞类型。在表皮细胞中，研究发现了两种主要的细胞亚型，它们分布在靠近空气和培养基的不同位置，并具有不同的功能。
空间转录组技术优势在于揭示不同细胞间位置关系。研究团队发现番茄愈伤组织的芽原基被表达光合基因的细胞包围，这些细胞含叶绿体，称为绿色组织（chlorenchyma）细胞。黑暗后见光处理影响芽原基分化，光诱导绿色组织细胞对芽再生十分关键。光合抑制剂DCMU减慢芽再生速率，证明绿色细胞光合必要性。然而，光形态建成相关基因在芽原基和绿色细胞中却无特定空间表达模式。蔗糖可通过TOR信号调控芽原基发育，相关基因在芽原基位置高表达，绿色组织细胞蔗糖可传输至芽原基并激活TOR，促进芽的分化发育。
图1 利用多平台建立番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱
图2 光诱导芽原基周围的叶绿体细胞促进芽再生
原文链接：
www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2310163120
文字转载于BioArt植物，如有侵权请联系删除。
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近日，北京大学现代农业研究院的李博生研究员团队与邓兴旺院士团队在国际知名学术期刊PNAS上发表了题为“Spatial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoting shoot regeneration in tomato callus”的研究论文，建立了首个植物愈伤组织芽再生的空间转录组图谱。
该研究利用了深圳华大BGI Stereo-seq、青岛百迈客BMKMANU S1000以及美国10x Visium三种#空间转录组# 技术，以及10X Chromium单细胞核转录组技术，首次揭示了番茄愈伤组织内部细胞的异质性，并在单细胞水平上详细解析了激素信号和重要调控因子在各种组织和细胞中的表达情况。研究结果不仅发现了表皮和芽原基细胞的亚型和功能，还揭示了绿色组织（chlorenchyma）细胞在芽原基细胞位置决定和分化发展中的重要作用，以及光照如何通过促进绿色组织细胞的发育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR来推动芽再生过程。
#植物# 在遭受损伤后能够重新编程体细胞，实现新组织或器官的再生。愈伤组织是由植物体细胞诱导产生的一类拥有再生潜能的细胞，广泛应用于现代农业领域，包括植物营养繁殖和#基因编辑# 等分子育种技术。其中，愈伤组织细胞经过芽再生过程最终发育成可育芽，这一过程对于植物再生至关重要。
#番茄# 是一种全球重要的经济作物，但在其愈伤组织中芽再生的分子机制仍有很多未知。为了深入研究番茄愈伤组织中芽再生的细胞发育轨迹和分子机制，研究团队通过协作开发并掌握多种先进的空间转录组实验和分析技术，首次建立了番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱。研究结果揭示了愈伤组织中存在高度异质的细胞群，将番茄愈伤组织分为了表皮、维管组织、芽原基、成熟芽和内部愈伤组织五种细胞类型。在表皮细胞中，研究发现了两种主要的细胞亚型，它们分布在靠近空气和培养基的不同位置，并具有不同的功能。
空间转录组技术优势在于揭示不同细胞间位置关系。研究团队发现番茄愈伤组织的芽原基被表达光合基因的细胞包围，这些细胞含叶绿体，称为绿色组织（chlorenchyma）细胞。黑暗后见光处理影响芽原基分化，光诱导绿色组织细胞对芽再生十分关键。光合抑制剂DCMU减慢芽再生速率，证明绿色细胞光合必要性。然而，光形态建成相关基因在芽原基和绿色细胞中却无特定空间表达模式。蔗糖可通过TOR信号调控芽原基发育，相关基因在芽原基位置高表达，绿色组织细胞蔗糖可传输至芽原基并激活TOR，促进芽的分化发育。
图1 利用多平台建立番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱
图2 光诱导芽原基周围的叶绿体细胞促进芽再生
原文链接：
www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2310163120
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Eric Schwitzgebel（埃里克·施维茨格贝尔，美国哲学家，加州大学河滨分校的哲学教授）从2014年开始给各大科幻奇幻杂志进行年度排行，他近日发布了Top Science Fiction and Fantasy Magazines 2023榜单。
这个榜单的统计方法是考察各个杂志在过去10年间刊登的小说作品入围英语世界各大科幻奇幻奖项的获奖情况，每获得一次Hugo, Nebula, Sturgeon, or World Fantasy Award提名则加1分，每入选Dozois, Horton, Strahan, Clarke, Adams, or Tidhar "year's best" 年度年选加1分，每有一篇作品进入Locus Recommended list则加0.5分。
按照这样的统计，TOR家以195.5分位居第一，排在前列的不出所料是Clarkesworld (179) 、Asimov's (141.5) 、Uncanny (127.5) 、Lightspeed (125) 、Fantasy & Science Fiction (118.5) 等各家英语老牌科幻奇幻杂志。
《科幻世界》以2分排在并列48位。当然因为只考虑英语奖项的因素对其他语种和国家的科幻奇幻杂志有失公允只能作为部分参考。
公布页面：https:/ /schwitzsplinters.blogspot.com/2023/08/top-science-fiction-and-fantasy.html
往年数据排名列表：http:/ /www.faculty.ucr.edu/~eschwitz/SchwitzAbs/SFranking.htm
这个榜单的统计方法是考察各个杂志在过去10年间刊登的小说作品入围英语世界各大科幻奇幻奖项的获奖情况，每获得一次Hugo, Nebula, Sturgeon, or World Fantasy Award提名则加1分，每入选Dozois, Horton, Strahan, Clarke, Adams, or Tidhar "year's best" 年度年选加1分，每有一篇作品进入Locus Recommended list则加0.5分。
按照这样的统计，TOR家以195.5分位居第一，排在前列的不出所料是Clarkesworld (179) 、Asimov's (141.5) 、Uncanny (127.5) 、Lightspeed (125) 、Fantasy & Science Fiction (118.5) 等各家英语老牌科幻奇幻杂志。
《科幻世界》以2分排在并列48位。当然因为只考虑英语奖项的因素对其他语种和国家的科幻奇幻杂志有失公允只能作为部分参考。
公布页面：https:/ /schwitzsplinters.blogspot.com/2023/08/top-science-fiction-and-fantasy.html
往年数据排名列表：http:/ /www.faculty.ucr.edu/~eschwitz/SchwitzAbs/SFranking.htm
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