#Main Title-Ramin Djawadi[音乐]# everything and everyone of my family can be executed as traitors madly, except our everlasting genes and thriving wills. In the winter, we must protect overselves, looking after one another. The lone wolf dies, but the pack survives. I’m not taking what doesn’t deserve me, I’m taking back what belongs to my family FROM the Beginning .
今天文献《Identification of hub genes in colorectal cancer based on weighted gene co-expression network analysis and clinical data from The Cancer Genome Atlas》，来自Biosci Rep 2022年1月11日的文章，影响因子：3.840。
介绍
结直肠癌（CRC）包括结肠癌和直肠癌，是消化系统最常见的癌症之一。它是全球癌症相关死亡的第二大原因和癌症相关发病率的第三大原因。它发生在三种组织病理学类型中，包括腺癌、鳞状细胞癌和粘液癌；腺癌是最常见的类型，约占所有 CRC 病例的 95%。
高通量测序技术为癌症的基因组、转录组和表观基因组特征提供了新的视角。系统生物学，尤其是网络方法，可以有效地整合复杂人类疾病，尤其是癌症的多个大规模数据集。例如，加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 是一种高效、准确的广泛多基因分析方法。
结果
数据预处理
表达数据来自51个正常样本和383个肿瘤样本。基于主成分分析过滤，从数据集中排除11个肿瘤和3个正常样本。前两个主要成分很好地将肿瘤与正常样本区分开来，占差异的13.5%（第一成分）和6.7%（第二成分）。这420个样本的基因表达谱用于后续分析。
CRC样品中DEG的鉴定和GO富集分析
在48个正常和372个CRC样本之间共鉴定出4832个 DEG，包括1562个上调基因和3270个下调基因。为了探索DEG在CRC中的潜在生物学功能，我们进行了GO富集分析。上调的DEG主要参与核分裂、细胞周期调控、染色体分离和DNA复制。
WGCNA 和关键模块的识别
WGCNA用于构建基于4832个DEG的表达矩阵和来自420个CRC样本的临床数据的网络。我们进行了聚类分析以检查420个样本的数据质量，所有样本都在聚类中并且在截止阈值内（height < 200），因此，没有发现异常值需要移除。WGCNA中应用了六个临床变量：疾病状态（Tumor_Normal）、癌症类型、性别、组织学亚型、体重和存活时间（OS.time）。420个样本分为两个集群，肿瘤和正常。
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介绍
结直肠癌（CRC）包括结肠癌和直肠癌，是消化系统最常见的癌症之一。它是全球癌症相关死亡的第二大原因和癌症相关发病率的第三大原因。它发生在三种组织病理学类型中，包括腺癌、鳞状细胞癌和粘液癌；腺癌是最常见的类型，约占所有 CRC 病例的 95%。
高通量测序技术为癌症的基因组、转录组和表观基因组特征提供了新的视角。系统生物学，尤其是网络方法，可以有效地整合复杂人类疾病，尤其是癌症的多个大规模数据集。例如，加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 是一种高效、准确的广泛多基因分析方法。
结果
数据预处理
表达数据来自51个正常样本和383个肿瘤样本。基于主成分分析过滤，从数据集中排除11个肿瘤和3个正常样本。前两个主要成分很好地将肿瘤与正常样本区分开来，占差异的13.5%（第一成分）和6.7%（第二成分）。这420个样本的基因表达谱用于后续分析。
CRC样品中DEG的鉴定和GO富集分析
在48个正常和372个CRC样本之间共鉴定出4832个 DEG，包括1562个上调基因和3270个下调基因。为了探索DEG在CRC中的潜在生物学功能，我们进行了GO富集分析。上调的DEG主要参与核分裂、细胞周期调控、染色体分离和DNA复制。
WGCNA 和关键模块的识别
WGCNA用于构建基于4832个DEG的表达矩阵和来自420个CRC样本的临床数据的网络。我们进行了聚类分析以检查420个样本的数据质量，所有样本都在聚类中并且在截止阈值内（height < 200），因此，没有发现异常值需要移除。WGCNA中应用了六个临床变量：疾病状态（Tumor_Normal）、癌症类型、性别、组织学亚型、体重和存活时间（OS.time）。420个样本分为两个集群，肿瘤和正常。
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【OsDXR与OsMORF1互作调控#水稻#叶绿体发育及叶绿体#基因RNA编辑#】本研究鉴定了一个正调控水稻叶绿素生物合成和叶绿体发育的还原异构酶基因OsDXR。OsDXR基因敲除突变体表现为白化致死表型，不能完成整个生命周期。OsDXR在水稻叶片中高表达，亚细胞定位表明OsDXR是一种叶绿体蛋白。与野生型相比，在OsDXR敲除突变体中许多参与叶绿素生物合成和叶绿体发育的基因表达存在差异。发现在OsDXR敲除突变体中叶绿体基因ndhA-1019和rpl2-1的RNA编辑效率显著降低。此外，酵母双杂交和双分子荧光互补实验证实，OsDXR与RNA编辑因子OsMORF1有相互作用。证实质体2-C-甲基-去甲三醇-4-磷酸途径的破坏导致叶绿体发育和叶绿体基因的RNA编辑存在缺陷。
文章链接：https://t.cn/A66ppZZZ
引用本文 >CAO Peng-hui, WANG Di, GAO Su, LIU Xi, QIAO Zhong-ying, XIE Yu-lin, DONG Ming-hui, DU Tan-xiao, ZHANG Xian, ZHANG Rui, JI Jian-hui. 2022. OsDXR interacts with OsMORF1 to regulate chloroplast development and RNA editing of chloroplast genes in rice. Journal of Integrative Agriculture, in press.
#JIA优先在线文章##作物科学#
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引用本文 >CAO Peng-hui, WANG Di, GAO Su, LIU Xi, QIAO Zhong-ying, XIE Yu-lin, DONG Ming-hui, DU Tan-xiao, ZHANG Xian, ZHANG Rui, JI Jian-hui. 2022. OsDXR interacts with OsMORF1 to regulate chloroplast development and RNA editing of chloroplast genes in rice. Journal of Integrative Agriculture, in press.
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